晋代，葛洪《肘后备急方》提出了利用狂犬脑浆防治狂犬病的方法，是免疫疗法的先驱。该书在治疗疟疾时记载了“青蒿一握，以水二升渍，绞取汁，尽服之”的方法，绞汁而不用水煎。屠呦呦受其启发，用低沸点溶剂成功提取了青蒿提取物，因此而荣获2015年诺贝尔生理学或医学奖。

南北朝时期，《僧深集方》载有“五瘿丸”，用鹿的甲状腺制成，治疗甲状腺素缺乏的甲状腺肿大，这是最早的也是有效的脏器疗法记载。

梁代《类苑》中还记载了世界上最早的药物牙粉配方，用于牙齿保健。

隋朝，《诸病源候论》中记有多项发现与发明，如记载肠吻合手术和漆过敏症，鉴别了天花和麻疹，还记载了结扎血管止血等。

唐代，《外台秘要》中记述了消渴患者尿甜、黄疸的尿检验法和金针拔障治疗白内障等。此外，唐代还能制作珠制的义眼，并创立了世界上最早的国家医学专门学校——太医署，编撰颁行了世界上第一部国家药典——《新修本草》。